Tahfizh al-Qur`an di Pesantren Persatuan Islam 27 dimasukkan dalam program intrakurikuler sebanyak 4 jam dengan 1 jam pembelajaran berlangsung selama 90 menit. Pesantren menugaskan muaddib yang masing-masingnya membawahi lima orang santri untuk menjadi pembimbing tahfizh dan tahsin al-Qur`an santri.

Setiap santri Tsanawiyyah diharuskan menghafal al-Qur`an dalam satu pekan 2 halaman, sehingga setiap 2,5 bulan hafalannya bertambah 1 juz, dalam satu semester (5 bulan) bertambah 2 juz. Target kurikulumnya dalam 2,5 tahun/5 semester hafal 10 juz al-Qur`an.

Sementara santri Mu’allimin diharuskan menghafal al-Qur`an satu pekan 5 halaman, sehingga setiap bulan hafalannya bertambah 1 juz. Target kurikulumnya dalam 2,5 tahun/5 semester hafal 30 juz al-Qur`an.

Program tahfizh al-Qur`an dialokasikan 5 bulan dalam satu semester karena satu bulan sisanya untuk muraja’ah dan UAS Tahfizh. Demikian juga dialokasikan sebanyak 5 semester untuk setiap tingkatnya, karena semester terakhir dialokasikan untuk Ujian Akhir Tahfizh (UAT), persiapan Ujian Akhir Pesantren (UAP), dan Ujian Nasional (UN).

Dalam tahfizh al-Qur`an ini Pesantren memberlakukan ujian bulanan dalam bentuk acara Tasmi’ al-Qur`an di setiap hari Sabtu-Ahad terakhir di setiap bulannya. Santri akan dibagi pada beberapa kelompok yang masing-masingnya terdiri dari lima orang santri dan satu Ustadz pembimbing. Tasmi’ al-Qur`an akan diselenggarakan di setiap masjid Persatuan Islam di wilayah Babakan Ciparay. Waktu pelaksanaannya dari ba’da ‘ashar sampai jam 21.00 wib. Acara Tasmi’ al-Qur`an ini terbuka untuk umum, khususnya orangtua santri dan jama’ah masjid setempat yang ingin ikut menyimak bacaan al-Qur`an yang benar.